N64 banjo

Dois anos após a primeira derrota de Gruntilda por Banjo e Kazooie, os dois estão jogando pôquer com seus amigos Mumbo Jumbo e Bottles na casa de Banjo. Enquanto isso, as irmãs de Gruntilda, Mingella e Blobbelda, chegam em uma grande máquina de escavação, a Bruxa 1, e destroem a pedra que prende Gruntilda com um feitiço mágico. Infelizmente, o tempo que Gruntilda ficou no subsolo, apodreceu sua carne e deixou apenas um esqueleto. Semelhante ao seu antecessor Banjo-Kazooie, Banjo-Tooie apresenta mundos tridimensionais contendo itens a serem coletados. Entre os itens estão peças de quebra-cabeças douradas, chamadas Jiggies, que são usadas para completar quebra-cabeças que destravam os níveis. Em vez de explorar o mundo central em busca de pranchas de quebra-cabeça incompletas como em Banjo-Kazooie, um tabuleiro singular é usado dentro de um templo onde o Mestre Jiggywiggy vive.

Um urso chamado Banjo precisa da ajuda de seu fiel amigo Kazooie e de um pássaro de penas vermelhas para resgatar sua irmã Tooty de uma bruxa chamada Gruntilda que criou uma máquina que transfere o nível de beleza de uma pessoa para outra e está planejando usar Tooty para roubar sua boa aparência juvenil. O jogo é dividido em nove níveis, onde o jogador deve reunir notas musicais e peças de quebra-cabeças, chamadas "Jiggies", para poder progredir. Os jogadores transitam de um nível para outro através do covil de Gruntilda, que age como o mundo central do jogo. Jiggies permitem ao jogador completar quebra-cabeças que abrem portas para novos níveis.

O problema está se formando na Spiral Mountain e cabe ao heróico mas ingênuo trazer a paz novamente. O urso Banjo convoca seu covarde amigo de pássaro Kazooie para ajudar a resgatar sua irmã mais nova de uma bruxa vaidosa e roubadora de beleza. Ao longo do caminho, eles conhecem uma variedade de personagens que os ensinam novos movimentos e os transformam em diferentes animais. O jogador tem a tarefa de explorar o covil da bruxa e os nove grandes níveis abertos, procurando tarefas e desafios a serem completados. Ajudado pelo místico xamã Mumbo Jumbo, Banjo e Kazooie devem enfrentar pântanos sombrios, desertos escaldantes, montanhas imponentes e casas assombradas a caminho do confronto final no cume do Covil de Gruntilda.

Banjo-Tooie é a continuação direta de Banjo-Kazooie, com melhoras significativas de gráficos e jogabilidade, agora os cenários estão bem mais vivos e as criaturas que circulam pelo mapa mais presentes. A história continua a contar os planos perversos da bruxa Gruntilda e suas irmãs de transformarem todos os animais e tudo que existe em cinzas. Banjo, Kazooie e Mumbo partem para acabar de uma vez por todas com a terrível bruxa. O game ainda possui vários desafios a serem cumpridos, junto com várias funcionalidades adicionais como enfrentar novamente todos os chefões já concluídos, no modo replay. Os mini-games ainda também estão presentes nessa versão, contando com suporte multiplayer offline, onde até quatro jogadores podem disputar vários desses mini-games além dos puzzles que desbloqueiam itens e habilidades para os personagens.